Proc Natl Acad Sci U S A.
2011 Mar 1;108(9):3713-8. Epub 2011 Feb 7
Boeri M, Verri C, Conte D, Roz L, Modena P, Facchinetti F, Calabro' E, Croce CM, Pastorino U, Sozzi G.
MicroRNA signatures in tissues and plasma predict development and prognosis of computed tomography detected lung cancer.
Abstract
In questa pubblicazione, abbiamo dimostrato che i profili di espressione dei miRNA nel tessuto tumorale e nel polmone sano sono in grado di identificare i tumori polmonari piu' aggressivi, e che specifiche combinazioni di miRNA nel plasma possono predire lo sviluppo del cancro polmonare fino a due anni prima della diagnosi con TAC spirale, separando anche nei soggetti senza evidenti lesioni alla TAC le forme piu' aggressive di tumore polmonare da quelle piu' indolenti.
Piu' precisamente, per identificare biomarcatori nel plasma in grado di predire la comparsa del tumore polmonare, abbiamo studiato il profilo di espressione di microRNA circolanti in campioni raccolti fino a due anni prima la diagnosi della malattia e al momento della chirurgia in pazienti di due indipendenti trial clinici per la diagnosi precoce del tumore polmonare in individui ad alto rischio (eta' >50 anni e forti fumatori) tramite TAC spirale.
In un primo training set composto da 40 campioni di plasma di 19 pazienti e da 27 campioni di plasma di individui sani di controllo raggruppati in 5 diversi pools, i livelli di espressione dei miRNA sono stati analizzati con TaqMan MicroRNA Assays (Applied Biosystems) al fine di individuare i 'miRNA ratios' significativamente diversi (p=0.05) tra campioni di plasma raccolti pre-malattia, al momento della chirurgia e da individui sani.
La specificita' e sensibilita' delle signatures di microRNA cosi' ottenute sono state confrontate in una coorte di validazione indipendente composto da 32 campioni di plasma di 22 pazienti e da 54 campioni di plasma di individui sani di controllo, raggruppati in 10 diversi pools.
Risultati ottenuti
Identificazione di una signature in grado di identificare individui a rischio di sviluppare tumore polmonare
I campioni di plasma raccolti 1-2 anni prima da pazienti a cui e' stato in seguito diagnosticato un tumore tramite TAC spirale sono stati analizzati e confrontati con i pool di controllo, costituiti da individui sani. Nel training set e' stata cosi individuata una signature di 16 'miRNA ratios' composta da 15 microRNA in grado di discriminare correttamente 18 su 20 campioni pre-malattia di individui che svilupperanno successivamente la malattia (sensibilita' del 90%), mentre un solo pool di controlli e' risultato essere positivo per questa signature (specificita' del 80%). Nel set di validazione la sensibilita' e' risultata essere dellí80% mentre la specificita' del 90% (AUC-ROC=0.85, p=0.001).
La capacita' predittiva di questa signature e' stata validata in prelievi raccolti fino a 28 mesi prima della diagnosi di malattia con TAC spirale e i microRNA piu' frequentemente deregolati sono risultati: mir-660, mir 140-5p, mir 451 , mir-28-3p, mir-30c e mir-92.
Identificazione di una signature con valore diagnostico
Campioni di plasma raccolti al momento della chirurgia o al momento dellíindividuazione della malattia tramite TAC spirale sono stati confrontati con i pool dei controlli. Nel training set un pannello di 16 'miRNA ratios', composti da 13 microRNA, classificano correttamente 16 su 19 pazienti con una sensibilita' dellí84% e una specificita' dellí80%. Nel set di validazione la sensibilita' e' del 75% e la specificita' del 100% (AUC-ROC=0.88, p=0.0001).
Sono solo 4 i 'miRNA ratios' in comune tra le signature di rischio e di diagnosi e parzialmente differenti sono anche i microRNA coinvolti. mir-17, mir-660, mir-92a, mir-106a, mir-19b sono i microRNA maggiormente deregolati al momento della diagnosi.
Identificazione di una signature di rischio di sviluppo di tumore polmonare aggressivo
Abbiamo analizzato i profili di microRNA nei campioni pre-malattia di pazienti con prognosi sfavorevole e abbiamo individuato 10 'miRNA ratios' in grado di riconoscere 5 su 5 pazienti nel primo set, 4 su 5 nel set di validazione e con una specificita' in entrambe del 100%. mir-221, mir-660, mir-486-5p, mir-28-3p, mir-197, mir-106a, mir-451, mir-140-5p e mir-16 sono i microRNA deregolati (Fig.1).
Identificazione di una signature di prognosi di pazienti individuati tramite TAC spirale
Abbiamo infine analizzato i campioni di pazienti a cattiva prognosi collezionati al momento della diagnosi di malattia, trovando una signature di 10 'miRNA ratios', tutti contenenti mir-486-5p, che identifica 7 su 8 pazienti a cattiva prognosi nel training set, 2 su 3 del set di validazione e nessun pool di controllo in entrambe i dataset (Fig. 2).
mir-486-5p, confrontato con mir-21, mir-126, mir-15b, mir-148a, mir-142-3p, mir-17, mir-197, mir-221, mir-28-3p e mir-106a, risulta essere sempre sotto espresso nel plasma di pazienti con una prognosi sfavorevole.
Questi risultati ci permettono di dire che i microRNA presenti nel plasma sono utili per individuare la presenza del tumore polmonare anche 1-2 anni prima della rilevazione con la TAC spirale e di predire inoltre lo sviluppo dei tipi di cancro polmonare piu' aggressivi, indicando la possibilita' di selezionare individui ad alto rischio sulle basi dei profili di microRNA circolanti.